自动装盒机的运作原理，首先，通常的自动装盒机都可以实现将药瓶、药板、药膏等和说明书自动装入折叠纸盒中，并完成盖盒动作，部分功能较全的自动装盒机还带有贴封口标签或进行热收缩裹包等附加功能
。

　　其次，自动装盒机进料一般分为三个入口：说明书入口、药瓶入口和机包盒入口
。从机包盒进料到最后包装成型的整个过程大致可以分成四个阶段：下盒、打开、装填、合盖
。下盒动作通常是由一个吸盘从纸盒进料口吸取一个纸盒，下行到装盒的主线上，由一个导轨卡位将纸盒固定并用一个推板打开纸盒，同时会有两个可向前移动的卡位从下面升起，从前后方向卡住纸盒的侧面，使盒子打开成直角并前移到装填区域
。在装填区域填装后，机器的机构会将耳朵折进左右的导轨中，然后再进行合盖动作
。

　　卧式自动装盒机

　　合盖前机构会先弯折纸盒的插舌，然后有一推板推动盒盖弯折，使插舌插进盒子中并使锁扣扣紧
。合盖动作是个关键性的动作，完成的好坏与纸盒的结构和机器调节的准确程度有很大关系
。

　　另外，不同装盒机供应商提供的设备，其工作原理和机构动作会有所不同，所以机包盒的结构应该与之相匹配
。

　　通常装盒机供应商在给制药企业提供设备时，会根据其产品的规格尺寸提供机包盒的结构图纸，此图纸为机包盒产品生产的重要工艺依据
。